UBND xã An Trạch được tổ chức theo mô hình chính quyền cấp xã, gồm Chủ tịch, các Phó Chủ tịch và các phòng chuyên môn, đơn vị sự nghiệp trực thuộc theo quy định. Hiện nay, cơ cấu tổ chức của UBND xã bao gồm:
- Lãnh đạo UBND xã
+ Chủ tịch UBND xã
+ Các Phó Chủ tịch UBND xã phụ trách từng lĩnh vực theo sự phân công
- Các phòng chuyên môn
+ Phòng Văn phòng HĐND – UBND xã
+ Phòng Văn hóa – Xã hội
+ Phòng Kinh tế
- Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc
+ Trạm Y tế xã
+ Trung tâm Văn hóa, Thể thao và Thông tin xã
+ Các Trường THCS, Trường Tiểu học, Trường Mẫu giáo
- Đơn vị trực thuộc UBND xã
+ Ban Chỉ huy Quân sự xã
+ Trung tâm phục vụ Hành chính công xã
- Ngành dọc trên địa bàn xã
+ Công an xã
- Các tổ chức chính trị – xã hội 
+ Mặt trận Tổ quốc Việt Nam xã gồm các đoàn thể: Hội Nông dân, Hội Liên hiệp Phụ nữ, Đoàn Thanh niên, Hội Cựu chiến binh, Các hội, đoàn thể khác theo quy định.